在应用过程中还发现不能用等离子体清洗很好除去表面粘附的指纹，而指纹是玻璃光学元件上常出现的一种污染物。等离子体清洗也不完(全)不能用于出去指纹，但这需要延长处理时间，这时又不得不考虑到这是他会对基材的性能造成不良的影响。所以还需要采用其他清洗措施进行预处理相配合。结果使清洗工艺过程复杂化。

       还有不能用这种方法除去物体表面的切削粉末，这点在清洗金属表面油垢时表现尤为明(显)。实践证明不能用它清楚很厚的油污，虽然用等离子清洗少量附着在物体表面的油垢有很好的效(果)，但是对厚油垢的清(除)效(果)往往不佳。一方面用它清(除)油膜，必须延长处理时间，使清洗的成本大大提高，另一方面有可能是它在与厚油垢相互接触的过程中，引发油垢分子结构中的不饱和键发生了聚合，偶联等复杂反应而形成较坚硬的树脂化立体网状结构有关。一旦形成这类树脂膜他将很难被清(除)。因此通常只用等离子清洗厚度在几个微米以下的油污。
        由于等离子体清洗过程需要进行真空处理，而且一般为在线为在线或批量生产，因此在把等离子体清洗装置引进生产线时，必须考虑到被清洗工件的贮存和移送的问题，特别是当被处理工件体积较大，数量较多更应考虑到这个问题。
        而然我们在工业应用中发现一些橡胶塑料件在进行表面连接的时候会出现粘接困难的问题，这是因为聚丙烯、PTFE等橡胶塑料材料是没有极性的，这些材料在未经过表面处理的状态下进行的印刷、粘合、涂覆等效(果)很差，甚致无法进行。 有些工艺用一些化学药剂对这些橡塑表面进行处理，这样能改变材料的粘接效(果)，但这种方法不易掌握，化学药剂本身具有毒性，操作很麻烦，成本也较高，而且化学药剂对橡塑材料原有的优良性能也有影响。 利用等离子技术对这些材料进行表面处理，在高速高能量的等离子体的轰击下，这些材料结构表面得以很大化，同时在材料表面形成一个活性层，这样橡胶、塑料就能够进行印刷、粘合、涂覆等操作。应用等离子技术对橡塑表面处理，其操作简单，处理前后没有有害物质产生，处理效(果)好，效率高，运行成本低。